Fonctions outils
graph.var
Cette fonction permet de tracer le graphe des variables après une méthode d'analyse factorielle en ne conservant que les variables auxquelles on s'intéresse.
Un exemple avec le tableau de données "decathlon" :
library(FactoMineR)
data(decathlon)
res.pca = PCA(decathlon, quanti.sup=11:12, quali.sup=13, graph=FALSE)
graph.var (res.pca, draw=c("var","Points"), label=c("Long.jump","Points"), lim.cos2.var=0.5, new.plot=TRUE)#res.pca: le résultat d'une ACP
#draw: les variables à représenter ("var" pour toutes les variables actives, "quanti.sup" pour toutes les variables continues supplémentaires, ou des noms)
#label: les labels à écrire (là aussi des noms, "var" ou "quanti.sup")
#lim.cos2.var: la limite de cosinus carré en-dessous de laquelle les variables ne sont pas représentées
#new.plot: fait apparaître ou non une nouvelle fenêtre graphique
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write.infile
Cette fonction est utile pour placer un résultat ou un objet dans un fichier.
Exemples:
library(FactoMineR)
data(decathlon)
res.pca = PCA(decathlon, quanti.sup=11:12, quali.sup=13, graph=FALSE)
write.infile(decathlon, file="decathlon.xls", sep="\t")
write.infile(res.pca$eig, file="eigenvalues.txt", sep="\t")#decathlon/res.pca: l'objet à placer dans le fichier
#file: un chemin ou une chaîne de caractères donnant le nom et l'emplacement du fichier à créer
#sep: le caractère séparateur de mots
plotellipses
Cette fonction trace des ellipses de confiance autour des modalités d'une variable qualitative illustrative.
Elle utilises un tableau de données contenant les variables qualitatives et les coordonnées des individus sur les composantes principales.
library(FactoMineR)
data(decathlon)
res.pca = PCA(decathlon, quanti.sup=11:12, quali.sup=13, graph=FALSE)
concat.data = cbind.data.frame(decathlon[,13],res.pca$ind$coord)
plotellipses(res.pca)#concat.data: un tableau de données avec les variables qualitatives et les coordonnées des individus
#bary: calcule les coordonnées des ellipses autour des barycentres des individus si TRUE
#ellipse: trace les ellipses
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textual
Cette fonction calcule le nombre d'occurences de chaque mot et retourne un tableau de contingence.
library(FactoMineR)
data(poison.text)
res.text = textual(poison.text, num.text=3, contingence.by=c(1,2))#poison.text: un tableau de données avec une variable textuelle
#num.text: l'indice de la variable textuelle
#contingence.by: une liste avec les indices des variables et couples de variables pour lesquels un tableau de contingence est créé
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La teableau de contingence est construit avec en ligne les modalités des variables qualitatives sélectionnées, en colonnes les mots et dans chaque cellule le nombre d'occurence du mot considéré pour la modalité considérée.
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Un tableau de données est également fourni avec, pour chaque mot, le nombre d'occurences et le nombre de listes dans lesquelles il apparaît.
reconst
Cette fonction reconstruit un tableau de données à partir du résultat d'une ACP ou d'une AFM.
library(FactoMineR)
data(decathlon)
res.pca = PCA(decathlon, quanti.sup = 11:12, quali.sup=13, graph=FALSE)
rec = reconst(res.pca,ncp=5)#res.pca: le résultat d'une ACP ou d'une AFM
#ncp: le nombre de dimensions à utiliser pour reconstituer les données
coeffRV
Cette fonction calcule le coefficient RV entre deux matrices et teste sa significativité.
library(FactoMineR)
data(wine)
X = wine[,3:7]
Y = wine[,11:20]
coeffRV(X,Y)
