Autre package: le package factoextra
Le package Factoextra a été développé pour les personnes qui souhaitent faire des graphiques sur le mode de ggplot2.
Le package Factoextra est une alternative aux graphiques proposés par FactoMineR et Factoshiny.
Il peut être utilisé pour construire des graphes séquentiellement, graduellement, en ajoutant des éléments graphiques.
Le code suivant permet d'obtenir la représentation des individus par défaut:
library(FactoMineR)
data(decathlon)
res.pca = PCA(decathlon[,1:10], quanti.sup=11:12,quali.sup=13)
library(factoextra)
fviz_pca_ind(res.pca)
Pour modifier le titre du graphique, les légendes associées aux dimensions, il suffit de rajouter un couche avec la fonction labs et d'écrire :
fviz_pca_ind(res.pca) + labs(title="PCA", x="PC1", y="PC2")
Ci-dessous, trois façons d'obtenir une représentation des individus en fonction de leur contribution:
fviz_pca_ind(res.pca, col.ind="contrib")
fviz_pca_ind(res.pca, col.ind="contrib") + scale_color_gradient2(low="blue", mid="white",high="red", midpoint=4)
fviz_pca_ind(res.pca, col.ind="contrib") + scale_color_gradient2(low="blue", mid="white", high="red", midpoint=4) + theme_minimal()
